El Colegio San Francisco Javier es una institución educativa de carácter privado y confesional católico, aprobada legalmente por el Ministerio de Educación Nacional, destinada a impartir enseñanza formal a hombres y mujeres en los niveles de Educación Preescolar, Básica Primaria, Básica Secundaria y Media Vocacional, en jornada completa, única y en Calendario B.

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El colegio es dirigido por la Compañía de Jesús, aprobado por la Gobernación de Nariño, del grado 6 a 11 de Bachillerato Académico, mediante la Resolución N° 0189 de marzo 29 de 2000 y en Primaria y Preescolar mediante la Resolución N° 0214 de abril 10 del 2000.  El Colegio San Francisco Javier pertenece a la  Asociación de Colegios Jesuitas de Colombia ACODESI que, a su vez, es una obra transversal de la Provincia Colombiana de la Compañía de Jesús. Además pertenece a la red de Colegios de la Confederación Nacional Católica de Educación CONACED.