•   En 1772 la Compañía de Jesús fundó un colegio en la ciudad de Pasto, que estuvo vigente hasta 1779, cuando se extinguió la Orden en todo el mundo.
  • En 1885 la Compañía volvió a fundar el colegio de educación secundaria en Pasto, como Colegio Seminario.
  • El 30 de marzo de 1919 el señor Obispo, Antonio María Pueyo de Val, C.M.F, bendijo y colocó solemnemente la primera piedra del Colegio San Francisco Javier, que la ciudad de Pasto edifica para la Compañía de Jesús.
  • Los planos fueron elaborados por el doctor Belisario Ruiz W. y se realizaron bajo la dirección del Hermano Cándido Olañeta, S.J.
  • Cuando se inició la construcción, era rector del Colegio Seminario el padre Mauricio Cruz, S.J.
  • Lo primero que estuvo listo en la nueva sede, fue el salón de actos y por eso pudo tenerse en dicho recinto la última graduación de los Bachilleres del Colegio Seminario, el 12 de julio de 1925, hoy Teatro Javeriano.
  • El Colegio en pleno inició clases el 3 de octubre de 1925 y fuera del edificio, el Colegio tenía dos campos de deporte denominados “El Cerrillo” y el “Estadio Javeriano” con unos 20.000 metros cuadrados de superficie.
  • El Colegio, con el  templo Cristo Rey adyacente, ocupa una manzana, comprendida entre las calles 20 y 21 y carreras 24 y 25.
  • En la actualidad es un colegio completo de bachillerato que sigue bajo la dirección de la Compañía de Jesús.
  • En 2012 inició una reestructuración del edificio, que duró dos años, y en agosto de 2014 fue reinaugurado y desde entonces es conocido como el Claustro Histórico del colegio Javeriano. Allí reciben clases los estudiantes de octavo a once, y tienen sede las oficinas de todas las obras de la Compañía de Jesús en la región, por lo que se le conoce como la manzana jesuítica.

Sede Aurora

La primera piedra de la sección Infantil fue bendecida por el obispo auxiliar, Monseñor José de Jesús Pimiento el 20 de mayo de 1956, hoy conocida como sede Aurora o Javerianito, donde los niños estuvieron al cuidado de las religiosas Siervas de San José.

Después también fue renovado para tener las instalaciones actuales donde reciben clases los javerianos de Preescolar, Primaria y los grados sexto y séptimo.

En la década del 70, hay dos hechos de suma importancia, que consolidan aún más la acción pedagógica del Colegio:

1. La implantación de la Educación Personalizada como elemento pedagógico de la Propuesta Educativa de los Colegios de la Compañía. Los lineamientos del padre Pierre Faure, S.J, y la orientación de la pedagoga Nieves Pereira fueron las bases que garantizaron la formación de los docentes.

2. El establecimiento de la coeducación. Tres valerosas niñas, con el apoyo de docentes y compañeros se atrevieron a incursionar en las aulas en medio de los hombres: María Alejandra Delgado Noguera, María Inés Palacios Noguera y María Ximena Troya Ortiz, “Las tres Marías”. Con ellas se inició un cambio de estructuras y sobre todo, de mentalidad en toda la Comunidad Educativa, enriqueciendo una formación a partir de las diferencias de género. 1981-1990, los Colegios de la Compañía, ACODESI, inician un proceso para dar forma a la política de mutua ayuda, se inician las reuniones de homólogos para compartir experiencias y unificar criterios en la estructuración de estrategias que permitan construir una sola propuesta educativa, hablar en un mismo lenguaje y colocar el servicio educativo de acuerdo a las exigencias del nuevo milenio, proceso que continúa hasta el día de hoy.

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