El Colegio San Francisco Javier, es una institución educativa de carácter privado y confesional católico, aprobada legalmente por el Ministerio de Educación Nacional, destinada a impartir enseñanza formal a hombres y mujeres en los niveles de Educación Pre Escolar, Básica Primaria, Básica Secundaria y Media Vocacional, en jornada completa, única  y en Calendario B. La Sección de Bachillerato (Claustro Histórico) está ubicada en la Calle 20 No  24 – 64. La sección de Pre Escolar, Primaria y Grados 6º y 7º está ubicada en la Carrera 35 No. 12A - 30 La Aurora..  

Dirigido por la Compañía de Jesús, aprobado por la Gobernación de Nariño, del grado 6 a 11 de Bachillerato Académico, mediante la Resolución N° 0189 de marzo 29 de 2000 y en Primaria y Pre Escolar mediante la Resolución N° 0214 de abril 10 del 2000.  El Colegio San Francisco Javier es una institución educativa afiliada a ACODESI  (Asociación de Colegios Jesuitas de Colombia) que, a su vez, es una obra apostólica de la Provincia Colombiana de la Compañía de Jesús. Además pertenece, a la red de Colegios afiliados a CONACED (Confederación Nacional Católica de Educación).

OBJETIVO GENERAL DE LAS INSTITUCIONES EDUCATIVAS DE LA COMPAÑÍA DE JESÚS

Contribuir en la formación integral de hombres y mujeres nuevos en su doble dimensión: individual y social, dentro del proceso responsable de la personalización liberadora para que desarrollen sus valores humanos y puedan hacer una opción por Cristo, que los comprometa en el servicio privilegiado de los pobres y en la lucha por la superación de las estructuras de injusticia, creando así, una sociedad nueva, donde se integren la cultura y la vida con la Fe cristiana.